Andrzej Bobola pochodził ze szlacheckiego rodu, osiadłego w Małopolsce, pieczętującego się herbem Leliwa. Jego ojciec Mikołaj Bobola był dzierżawcą sołectwa strachocińskiego, wchodzącego w skład dóbr królewskich[a]. W 1606, gdy rozpoczynał studia, w bitwie pod Moskwą zginął jego kuzyn Wojciech Bobola.

 Osobny artykuł: Bobolowie herbu Leliwa.

W latach 1606–1611 studiował w kolegium jezuitów w Braniewie, a następnie 31 lipca 1611 wstąpił do tego zakonu i nowicjat odbył w Wilnie. Mistrzem-spowiednikiem Andrzeja Boboli w nowicjacie był ks. Wawrzyniec Bartilius (1569–1635) jezuita, filozof i teolog.

Śluby zakonne złożył 31 lipca 1613. W latach 1613–1616 studiował filozofię na Uniwersytecie Wileńskim; w latach 1618–1622 studiował tam również teologię, nie zdał jednak ostatniego, najważniejszego egzaminu. 12 marca 1622 otrzymał święcenia kapłańskie.

Przez rok był rektorem kościoła w Nieświeżu (1623–1624). W latach 1624–1630 był kaznodzieją i spowiednikiem w kościele św. Kazimierza w Wilnie. Sprawował też funkcje rektora i doradcy prepozyta w tym kościele.

2 czerwca 1630 złożył profesję (ślubowanie) czterech ślubów zakonnych w kościele św. Kazimierza w Wilnie, po czym został superiorem (przełożonym) domu zakonnego w Bobrujsku w latach 1630–1633. Następnie pracował w Płocku (1633–1636) i (1637–1638) jako prefekt kolegium i kaznodzieja, w Warszawie jako kaznodzieja (1636–1637). Kolejne cztery lata (1638–1642) spędził w Łomży, będąc doradcą rektora, kaznodzieją i dyrektorem szkoły humanistycznej. W okresie od 1642–1646 przebywał w Pińsku i okolicach prowadząc rozwiniętą działalność duszpasterską, a w latach 1646–1652 ze względów zdrowotnych przebywał w Wilnie, przy kościele św. Kazimierza, głosząc kazania i prowadząc wykłady oraz misje. Wrócił ponownie na ziemię pińską, podejmując szeroko zakrojoną działalność misjonarską – znany jest jako Apostoł Pińszczyzny lub Apostoł Polesia.

Jezuita Jan Łukaszewicz SJ, który osobiście znał Andrzeja Bobolę, przekazał pewne cechy jego wyglądu, stwierdzając m.in.

Andrzej był średniego wzrostu, o zwartej muskularnej i silnej budowie ciała. Twarz miał okrągłą, pełną, policzki okraszone rumieńcem, przez jasną, przyprószoną siwizną, fryzurę, z lekka przeświecała łysina. Powagi dodawała twarzy siwiejąca, nisko strzyżona broda.

Biografowie jego życia twierdzą, że po męczeńskiej, heroicznej śmierci ukazywał się on w widzeniach wielu osobom, które to potwierdziły, m.in. 16 kwietnia 1702 ks. Marcinowi Godebskiemu SJ, rektorowi kolegium jezuitów w Pińsku, a później ukazał się również zakrystianowi podpowiadając, aby szukano jego świątobliwego ciała, pochowanego w kościelnej krypcie. Potem w 1819 dominikaninowi o. Alojzemu Korzeniowskiemu OP w Wilnie, przepowiadając w wizji zmartwychwstanie Polski.

Wbrew obiegowej opinii Andrzej Bobola nie był autorem tekstu ślubów lwowskich.

W zamęcie konfliktów roznieconych przez powstanie Chmielnickiego dostał się we wsi Mohilno w ręce Kozaków, którzy 16 maja 1657 wpadli do Janowa Poleskiego z zamiarem mordowania Polaków. Kozacy traktowali go jako wroga politycznego z powodu nawracania ruskiej ludności prawosławnej na katolicyzm. Z pojmanego kapłana zdarto suknię kapłańską, na pół obnażonego zaprowadzono pod płot, przywiązano do słupa i zaczęto bić nahajami, z zamiarem, by wyrzekł się wiary. Następnie oprawcy ucięli świeże gałęzie wierzbowe, upletli z nich koronę na wzór Chrystusowej i włożyli ją na jego głowę oraz zaczęli go policzkować, aż wybili mu zęby. Potem wyrywali paznokcie i zdarli skórę z górnej części jego ręki. Odwiązali go i okręcili sznurem, a dwa jego końce przymocowali do siodeł. Bobola musiał biec za końmi, popędzany kłuciem lanc, a oprawcy dodatkowo torturowali go szablami, raniąc mu palce, nogę oraz przekłuwając oko.

Na koniec zawleczono go do rzeźni miejskiej, rozłożono na stole i zaczęto przypalać ogniem. Na miejscu tonsury wycięto mu ciało na głowie do kości, na plecach wycięto mu skórę w formie ornatu, rany posypano sieczką oraz odcięto mu nos, uszy i wargi. Kiedy z bólu i jęku wzywał imiona Jezusa i Maryi, w karku zrobiono otwór i wyrwano mu język oraz grubym szydłem rzeźniczym podziurawiono mu lewy bok. Potem jego ciało szarpane konwulsjami powieszono twarzą do dołu. Katusze i straszne tortury trwały około dwóch godzin, po których uderzeniem szabli w szyję dowódca oddziału zakończył około godziny 15 jego nieludzkie męczarnie, powodując śmierć.